Gotham Knights se centrará en Nightwing, Batgirl, Red Hood y Robin, mientras luchan para proteger a Gotham de un virus que se propaga por toda la ciudad. Todas las hazañas de estos héroes sucederán como un equipo independiente al caballero de la noche, Batman. Esto se debe a que en el universo planteado por esta entrega, Batman ha muerto. A pesar de lo controversial que suene, matar a Batman fue una buena idea según los desarrolladores de Gotham Knights. Muy pocas veces se puede apreciar a Gotham City sin su icónico justiciero, y esta es la ocasión perfecta para sacar a relucir otras personalidades tan importantes como el Murciélago.
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Hablando en una entrevista con GamesRadar, la productora ejecutiva de Gotham Knights Fleur Marty declaró que el hombre murcielago «…simplemente ocupa todo el espacio, saca todo el aire de la habitación», lo que implica que con Batman en el juego, muchos jugadores habría asumido que se trataba de él, en lugar de que sus sucesores tomaran su papel.
Matar a Batman fue una buena idea según los desarrolladores de Gotham Knights
Ceri Young se basó en este punto al decir que la ausencia de Batman de Gotham Knights ‘realmente impulsa’ a los personajes jugables. ‘Hay varios puntos en los que cada uno se encuentra preguntando: «Si Batman estuviera aquí, creo que así es como lo manejaría»‘, comenzó Young. ‘Pero no lo tienen, por lo que tienen que descubrir cómo hacerlo a su manera y ahí es donde radica gran parte de su interés y motivación‘.
La ausencia del famoso Vigilante de Gotham es un elemento crucial para el desarrollo de la trama ya que, por lo que pudimos conocer durante la entrevista a la productora del juego, tanto los jugadores como los personajes dentro del juego extrañarán a Batman. Es por esta razón, que WB Games Montreal cree que Matar a Batman fue una buena idea.